Paper-1 ... uns quilets menys!

Ara mateix, tans sols 20 minuts enrera jo era una persona "pesada", cansada, saturada i estressada.
Actualment, en aquest moment i temps he perdut pes, soc lleuger, una mica més feliç i sobretot una mica més relaxat.
I ens preguntem ... perqué??
Doncs, per que avui, dia 15 de Maig de 2008, a les 17:45 h hem enviat (amb l'inestimable ajut d'en Bo (el jefe)) a publicar el primer article de la meva, futura i encara "a l'aigüera" tesi doctoral.
Ara només ens falta esperar a veure que diuen els encarregats de la revista sobre el nostre treball.

Així doncs, armem-nos de paciencia i a esperar

... loading ...

Tesi=Σarticles

nec spe nec metu

Tesis

Avui hem pogut apendre quelcom més sobre una tesis i sobre com, en la meva modesta opinió, no s'hauria de defensar.
A més, i sense culpar la doctorand, no deixa de ser un pur tràmit bURROcràtic molest fins a cert punt. Actualment, tenim tendencia a presentar la tesi en "format articles", que vol dir la compil·lació de la feina feta en un seguit d'articles (entre 2 i uns quants més) publicats en revistes de major o menor prestigi, però totes elles basades en el "peer-review"(http://en.wikipedia.org/wiki/Peer_review). Això vol dir, que els articles ja han passat les correccions del director de la tesi i coautor dels articles (normalment entre 1001 i 1000000000001 revisions) i les 1 o 2 que acostumen a ser necessaries segons la revista. Així doncs un cop superades aquestes N revissions "obligatories" dels teus 2-10 treballs publicats, ho organitzes tot en un "totxo" entenedor (altrament dit TESI DOCTORAL) i ho fas revissar altra cop (imperatiu legal de la universitat per a poder defensar la tesi) per tres revisors externs al teu grup/area de recerca i universitat. Tu acostumes a triar tres "experts" en el camp no relacionats amb els teus treballs (per tal de ser imparcials). I així, el nombre de revissions i correccions augmenta exponencialment 10expN per arribar al dia de la defensa on 5 membres d'un tribunal (d'experts, altre cop) t'avalua i et posa una nota final. En tots els casos coneguts per mi, amb millor o pitjor treball, text de la tesi en si, exposició i defensa, la nota final a estat sempre la mateixa: EXCEL·LENT CUM LAUDE.

En fi, només cal esperar que la tonica dels EXCEL·LENT CUM LAUDE no es trenqui quan arribi la meva hora.

Vejam que passarà

ISME12

Buf!!!

Quins nervis!!

Avui era el dia D i he rebut aquest mail ...



Dear Marc Llirós,
We are pleased to inform you that your abstract reference numbered A-088-0022-00828 entitled: "AMMONIA-OXIDIZING CRENARCHAEOTA IN OXIC AND SUBOXIC WATERS OF LAKE KIVU (EAST AFRICA)" has been accepted in the program at the forthcoming ISME 12, which will take place in Cairns, Australia, August 17 - 22, 2008. If you have ticked to be in the Poster program, that is where your presentation will be. Due to the large number of high quality abstracts submitted for oral presentations to ISME12, the program committee will have to select those for the oral program.

This process is proceeding and you will be informed by May 15th, 2008 about the mode and scheduling of your presentation.





Es a dir, els nervis continen fins ... el dia 15!!

En fi, paciencia!!

acabant ...

Seguint amb la deria d'intentar acabar una tesi cercant archaeas a diferents parts del món, avui estem fent allò que els biolegs moleculars en diuen "check for chimeras". Si, quimera, aquell virus mortal d'una no menys mortal pel·lícula de'n Tom Cruise, però també personatge mitologic grec. Ara no farem una explicació de quí és/era Quimera.
Doncs bé, dins del no massa ampli ventall d'opcions per "chek for chimera" (dos programes) hi tenim la gran sort de:
un funciona on-line, te molta capacitat de treball (pocs posar-hi moltes sequencies), molt visual, però ... jeje ... no et diu rés de rés, només aconsella
l'altre no funciona on-line, sino via email, té menys capacitat de treball i necessita sequencies aliniades, és menys robust i fiable, però ... jeje ... et diu quina sequencia és o no quimera
Per acabar-ho d'adobar, els tutorials haurien de ser quelcom que ens ajudes ... jeje ... doncs no es així!!!
En fi ... seguirem quimerejant i quimerejant!!

:(

Yosu

Ara fa 4 dies vaig perdre un amic.

Si, jo el considerava un amic com ell (i el seu germà) m'hi consideraven.

En Yosu ens va deixar, ja no podia més, el seu cos ja no va poder lluitar més. El seu cos es va rebelar en contra d'ell i, ell, en contra del seu cos. Es va veure obligat a jugar una partida d'escacs que tenim perduda sempre. Però ell va aconseguir arreconar-la, a la mort, per dos cops. Té dues criatures petites en aquest mon. Dues maravelles per les quals, la seva dona i nosaltres, els seus amics, podrem recordar-lo sempre. I la nostra companya de camins, la mort, no podrà mai treure'ns això. El llegat d'en Yosu.

Ens varem coneixer l'estiu del 2003 en un viatge on varem coincidir tots 7, ells 4 (Yosu, Marga, Javivi i Imma) i nosaltres 3 (Yolanda, Silvia i jo). D'aquella setmana de compartir seient del darrera en un autocar atrotinat pel desert de tunissia en va sorgir una gran amistat que es va anar forjant amb el temps. Ells desde la capital de l'estat i nosaltres desde la nostra capital.

Sembla estrany, però compartiem molestes coses. Aficions, "exits" esportius, ganes emprenedores, joventut, edat ... en fi ... poc i alhora molt.

I dijous passat ja no va poder lluitar més. Ni la seva dona, fills, germà, familia, amics ... rés va poder ajudar-lo a enfrentar-se a la inexorable e inevitable hora. Però varem poder dir-li adeu i acompanyar-lo en ell i a la seva familia en aquell moment tant i tant dur.

Jo ho vaig viure d'una manera molt complicada i enfrontada. Sóc cientific i tinc una visió cientifica del món, per tant contraposada a la religiositat i a la creença de que hi ha quelcom que ens guia en aquest camí. Per una banda, hi ha diverses raons que justifiquen que el nostre cos s'esgoti, s'aturi i fineixi. Si, no deixem de ser organismes vius que tenim "data de caducitat". I un cop arriba aquesta, per freda que sembli, tot s'acaba i no crec que hi hagi ningú que ens digui: has estat bo? que ens jutji i ens destini ... a dalt o abaix.

Només puc dir que em va entristir molt i molt la seva pèrdua i veure com ens hem quedat els que encara no sabem la nostra data de caducitat.

Yosu sempre et recordarem.

Acabant

Un pensaria que arribats en aquest punt, la tesi i tot allò que implica la seva escritura i publicació hauria d'estar molt més que enllestit. Però no és així. I és que malgrat la edat i les experiències previes en el món, magnífic e impressionant per cert, de la ciència un servidor hauría d'estar, com dir-ne, una mica més curtit. Ja tinc la pell dura, ja, però no tant com em pensava.

Avui podriem dir que ens acostem a tancar el que ja ha passat a ser el capítol dos de la meva tesi. Si, l'aventura africana d'un servidor, que va servir per posar-me el sobrenom de "mzungo", s'està tancant a nivell de recerca molecular. Si la DGGE d'avui ens dona un resultat més o menys acceptable i/o sorprenent, la caracterització del llac Kivu a nivell filogenetic i funcional pel que fa als archaea es veurà gratament acomplerta. Si, sabrem quí hi ha i que podrien fer.

Confirmem la diversificació dels Archaea en multitud de lloc, l'ubiquitisme!, i la seva gran versatilitat metabólica, oxidació d'amoni, i possible fixació de carboni.

Que més voleu!

Però, més d'un es podria preguntar ... >Estas fent referencia al capítol 2, per tant, hi ha un capítol 1?> Per que no en fas referéncia?>

I jo hauria de contestar les meves raons per les quals el capítol 1 està quelcom marginat. Ben bé no és així, però avui no hen parlarem d'ell. Ni d'ell ni de com serà, al final, la meva tesi que ara per ara es considerada una tesi "no pop-pop".

I rés ... vaig a veure com va el gel i el voltatge i l'amperatge del sistema D-Code de BioRad on està corrent l'última DGGE i marxarem a meditar sobre el perque de les drogues i els esportistes d'elit (lectura recomenada: Mañana lo dejo, Pedro "Toto" Garcia, Ed. Bresca).

En fi ... salut i archees per tots

Marc