30 de des. 2008

Any 8 i un segon de mes

Aquest 2008 porta de regal, rés més adient per aquestes dates, un segon de més. Un segon que afegirem a les 23:59:59 per tal d'ajustar-nos tant al "retràs rotatori" de la Terra com a la precisió absoluta de la mesura (absoluta) del temps, un temps que es mesura en segons i els seus multiples.
Així que tots, aquest any, el viurem un segon més. Un segon que pot semblar poc, però que pot donar per a molt. Un segon que hauriem d'aprofitar en quelcom productiu, si més no a nivell personal. Un segon, rés, un segon que aprofitaré per desitjar a tothom que, d'una manera o altra apreciu, tingui un molt bon any 9 i que deixi el any 8 ben 8.

FELIÇ ANY 9 2009 i buideu i espremeu al màxim el 2008 per deixar-lo ben 8!!!

10 de des. 2008

Burnout

Burnout!!!

Fa uns dies vaig tenir la sort de poder llegir un editorial de la revista EMBO reports on es reflexionava sobre el fet d'aquell estat d'anim on tot sembla que ens supera, on no arribem enlloc i estem més o menys irritats i ens veiem incapaços de desconectar del treball.
Hi ha situacions i treballs que faciliten aquesta desconexió, però d'altres on això no es facil, malgrat que depen de nosaltres, d'un mateix.
Es una mica "sorprenent" que tot un cap de grup de recerca, editor d'una de les revistes (EMBO reports) més capdalts de la biologia reflexioni, parlant inclus en primera persona, del conegut conecpte "estic cremat".

Curiós.

Per si hi voleu fer un cop d'ull .... Burnout

21 d’ag. 2008

Festes de Gracia

Divendres passat, durant les festes de Gràcia vaig anar a sopar al FAMEN.
Que dir del restaurant on treballa el meu germà. Rés de dolent, obviament. Tan sols felicitar-lo en ell i al seu company per la bona feina que fan.














Rés a envejar als anteriors llocs on han treballat ambdos (junts i separats).
Tot molt i molt bó, si més no per a mi ... Cuina innovadora, però sense artificis. Ingredients coneguts, plats ben elaborats (curts per un menjador com jo, però la majoria en sortirieu ben tips) i carta de vins correcte.
A destacar, i si podeu demaneu-ne, el vermut "de la casa". Aneu en compte ... més de tres vermuts son nocius.



Gracies TT

29 de jul. 2008

Doctor Pollos Festival ... ... ... Èxit total

Alguns comentaris ....

a) BONÍIIIIIIIIISSIM !!!!

Com n'és de cert que el doctorand, amb el seu treball dur i incansable, i amb desenfrenada imaginació, desenvolupa un llarg reguitzell d'habilitats alternatives a la recerca ...

b) BRUTAL!!!!!
Pero ens espera un curs 08-09 que tela....

c) Estem tornant al nostre nivell de temps passats!
Que tenim poca feina? :o(
Pos no, jo sense anar més lluny, no he pogut ni baixar a la defensa...

I no en poso més per no allargar-me dos hores com un doctorand no fa massa .... JEJE

:)

Tesi Xevi Triado

En breu ja en tindrem un altre.
Un altre doctor procedent del, ara si, prolific grup de recerca de microbiologia de la UdG.
Bé, de la també coneguda UdP.
Per aquells que heu col·laborat d'una manera o una altre en el regal informal de la seva tesi, un altre treball d'imaginació, ús de les noves tecnologies (pututxop i altres programaris d'edicio d'imatges) us penjo el resultat final per compartir amb tots vosaltres

http://rcpt.yousendit.com/593168753/ddd70c08ebe614 dfe87c611661a67d42

o bé a

http://www.yousendit.com/transfer.php?action=batch_download&batch_id=Q01HNU1NcklGR0ZFQlE9PQ


Teniu 7 dies per a poder-vos descarregar el fitxer .....



Salut i pelas i a disfrutar


25 de jul. 2008

Dolça Mort?

Aquest dilluns passat vaig pensar en una frase otorgada a Leonardo Da Vinci ...

<
així com un dia ben utilitzat ens produeix una dolça son, així, una vida ben emprada ens causa una dolça mort>

I espero que aquesta frase resumeixi la vida que va tenir el meu darrer portàtil. Dels seus gaire bé 3 quilos ja només en queden uns grams, potser fins i tot mig quilo, però rés més. Això sí ... uns grams que serien equivalents als nostres 21 grams. 21 grams que contenen tota la informació, la meva informació propiament dit i la informació que he utilitzat d'altres essers vius, morts, físics, digitals (cyborgs ) que hi ha per tot arreu. 21 grams que jo vaig creure perduts fins dijous i que el mateix dijous van tornar a la vida. Una vida que ara pesa molt més doncs es valora molt mes, malgrat que tot el seguit i reguitzell de ...

1010101010010011101100101010010
0101001010010101010101100101001
0100100010001011110101010010101

que ara acumulem plegats, el meu disc dur i jo, no podran ser mai equiparables als que acumulavem el meu portàtil i jo

Que dormis bé

26 de juny 2008

SI!

Si!
Si!!
Si!!!
Si!!!!






Avui els revisors i l'editor encarregats de revisar l'article que varem enviar a la revista FEMS Microbiology Ecology (Ind. Imp. 3.03 pel 2007) han cregut convenient acceptar la seva publicació en la mateixa amb, això si, minor corrections. Rés quatre coses gens complicades de canviar i ja estarà llest per a ser publicat, llegit, utilitzat com a referencia, criticat i citat per la resta de la comunitat cientifica.
Tot aquest esforç dels darrers 5 anys ha valgut la pena. I cal agraïr-ho a tota la gent del gEMM (grup d'ecologia microbiana molecular de la UdG). Però qui se'n du més part d'agraïment és el meu jefe, en Bo.

----------------------------------------------------------------------------------------
June 25, 2008
Dear Dr. Carles Borrego,
Manuscript id: FEMSEC-08-05-0196
Title: High archaeal richness in the water column of a freshwater sulfurous
karstic lake along an inter-annual study
Authors: Llirós, Marc; Casamayor, Emilio; Borrego, Carles
Submitted to: FEMS Microbiology Ecology

Thank you for submitting the above manuscript to our journal. It has now
been expertly refereed, and the recommendations made are listed below.

The reviewers raised minor concerns that require your attention before the
paper can be accepted for publication. If you feel able to make these
changes then I will be happy to consider a revised manuscript. Please also
confirm that color figures are needed if you decide to submit a revisioned
manuscript. Please include a point-by-point reply to each reviewer comment.


(Extracte del correu d'acceptació del paper)

20 de juny 2008

Remember when ....

Ahir ...

Encara que fa poques hores que ahir, era ahir per a mi i en el mateix lloc on em trobo ara, un correu em va retornar a la meva experiencia africana. L'Hugo, un post-doc ara al CMIMA-CSIC em va remetre el link al seu blog (http://lagokivu.blogspot.com/). Un blog on hi parla de la seva visió, experiencia, supervivencia i amistats de la seva recerca a l'africa.
Es curiós, ja quasi (degut al "1er" món (en crisi) en que vivim) havia oblidat gran part de l'impacte que em va causar la gent i les seves expressions malgrat les seves penuries ...

Remember when ....

13 de juny 2008

Advertisments

Fa temps, uns quants anys però no masses, vaig dedicar part del meu temps lliure de recerca i docencia a quelcom més productiu (a nivell economic) i menys exigent (a nivell personal), si més no dins de les meves expectatives i aspiracions.
Us parlo de fer anuncis per televisió.
Es un camp que sempre m'ha agradat. Fa un temps hi havia un programa de TV, a la "nostra", on l'Asha Miró ens mostrava els millors, els pitjors i tots aquells anuncis que eren mes o menys interessants.
I ara jo, vull compartir una web/blog on trobar anuncis, bandes sonores dels mateixos i comentaris al respecte.
Per mi ... molt interessant

http://tvspot.blogspot.com/

Disfruteu

5 de juny 2008

Tristor

Si, tristor ...

No se m'acut cap paraula millor per descriure el desanim en el qual es troba la existencia actual, tan en un plà científic com personal.

No me'n surto amb la tesi, si més no en un dels seus espero que multiples apartats, i no me'n surto amb el pla laboral (diguem-n'he que l'aportació universitaria a la meva butxaca s'ha vist mermada en un 50%).

50%, un valor que ni aconsegueixo generar de bootstrap!
50%, un llindar que sempre cal superar i ara,malgrat fer-ho, implica ser inferior a la mitja
50%, un estat que molts voldrien qualificar de superb i que jo ni puc valorar
50%, la dedicació que hauria de dedicar a la tesi i a la suposada docencia
50%, la esperança de vida que tinc ara mateix
50%, de possibilitats de no acabar
50%, menys d'orgull i d'empenta
50%, del temps per acabar
50%, de feina escrita

10%, d'energia a les bateries


0% de ganes

0% de tot
0% de rés

21 de maig 2008

ISME-12

Bé,
Ja està, ja s'ha acabt el patiment, la intriga i "el dolor de barriga" que deiem quan erem petits quan hi havia quelcom que ens tenia inquiets i teniem por, sobretot de les primeres pel·lícules de por que es feien al canal nacional de televisió (l'únic d'aleshores).

Aquest matí, força dies més tard d'aquell "by March 15th" que deien, hem rebut la següent nota:


Dear Marc Llirós,

On behalf of the Scientific Committee, we are pleased to inform you that your abstract A-088-0022-00828 entitled "AMMONIA-OXIDIZING CRENARCHAEOTA IN OXIC AND SUBOXIC WATERS OF LAKE KIVU (EAST AFRICA)" has been scheduled for POSTER PRESENTATION in 12th Biennial Symposium on Microbial Ecology (ISME-12) taking place on August 17 22, 2008.

Yours sincerely,
ISME-12 Secretariat Abstract Team on behalf of the Scientific Programme Committee


Així doncs ... no anirem a Australia a fer recerca i els contactes (o no) per a poder optar a un post-doc.

Qué hi farem ...

Potser al proper ... ??

15 de maig 2008

Paper-1 ... uns quilets menys!

Ara mateix, tans sols 20 minuts enrera jo era una persona "pesada", cansada, saturada i estressada.
Actualment, en aquest moment i temps he perdut pes, soc lleuger, una mica més feliç i sobretot una mica més relaxat.
I ens preguntem ... perqué??
Doncs, per que avui, dia 15 de Maig de 2008, a les 17:45 h hem enviat (amb l'inestimable ajut d'en Bo (el jefe)) a publicar el primer article de la meva, futura i encara "a l'aigüera" tesi doctoral.
Ara només ens falta esperar a veure que diuen els encarregats de la revista sobre el nostre treball.

Així doncs, armem-nos de paciencia i a esperar
















... loading ...

23 d’abr. 2008

18 d’abr. 2008

Tesis

Avui hem pogut apendre quelcom més sobre una tesis i sobre com, en la meva modesta opinió, no s'hauria de defensar.
A més, i sense culpar la doctorand, no deixa de ser un pur tràmit bURROcràtic molest fins a cert punt. Actualment, tenim tendencia a presentar la tesi en "format articles", que vol dir la compil·lació de la feina feta en un seguit d'articles (entre 2 i uns quants més) publicats en revistes de major o menor prestigi, però totes elles basades en el "peer-review"(http://en.wikipedia.org/wiki/Peer_review). Això vol dir, que els articles ja han passat les correccions del director de la tesi i coautor dels articles (normalment entre 1001 i 1000000000001 revisions) i les 1 o 2 que acostumen a ser necessaries segons la revista. Així doncs un cop superades aquestes N revissions "obligatories" dels teus 2-10 treballs publicats, ho organitzes tot en un "totxo" entenedor (altrament dit TESI DOCTORAL) i ho fas revissar altra cop (imperatiu legal de la universitat per a poder defensar la tesi) per tres revisors externs al teu grup/area de recerca i universitat. Tu acostumes a triar tres "experts" en el camp no relacionats amb els teus treballs (per tal de ser imparcials). I així, el nombre de revissions i correccions augmenta exponencialment 10expN per arribar al dia de la defensa on 5 membres d'un tribunal (d'experts, altre cop) t'avalua i et posa una nota final. En tots els casos coneguts per mi, amb millor o pitjor treball, text de la tesi en si, exposició i defensa, la nota final a estat sempre la mateixa: EXCEL·LENT CUM LAUDE.

En fi, només cal esperar que la tonica dels EXCEL·LENT CUM LAUDE no es trenqui quan arribi la meva hora.

Vejam que passarà

7 d’abr. 2008

ISME12

Buf!!!

Quins nervis!!

Avui era el dia D i he rebut aquest mail ...



Dear Marc Llirós,
We are pleased to inform you that your abstract reference numbered A-088-0022-00828 entitled: "AMMONIA-OXIDIZING CRENARCHAEOTA IN OXIC AND SUBOXIC WATERS OF LAKE KIVU (EAST AFRICA)" has been accepted in the program at the forthcoming ISME 12, which will take place in Cairns, Australia, August 17 - 22, 2008. If you have ticked to be in the Poster program, that is where your presentation will be. Due to the large number of high quality abstracts submitted for oral presentations to ISME12, the program committee will have to select those for the oral program.

This process is proceeding and you will be informed by May 15th, 2008 about the mode and scheduling of your presentation.





Es a dir, els nervis continen fins ... el dia 15!!

En fi, paciencia!!

2 d’abr. 2008

acabant ...

Seguint amb la deria d'intentar acabar una tesi cercant archaeas a diferents parts del món, avui estem fent allò que els biolegs moleculars en diuen "check for chimeras". Si, quimera, aquell virus mortal d'una no menys mortal pel·lícula de'n Tom Cruise, però també personatge mitologic grec. Ara no farem una explicació de quí és/era Quimera.
Doncs bé, dins del no massa ampli ventall d'opcions per "chek for chimera" (dos programes) hi tenim la gran sort de:
un funciona on-line, te molta capacitat de treball (pocs posar-hi moltes sequencies), molt visual, però ... jeje ... no et diu rés de rés, només aconsella
l'altre no funciona on-line, sino via email, té menys capacitat de treball i necessita sequencies aliniades, és menys robust i fiable, però ... jeje ... et diu quina sequencia és o no quimera
Per acabar-ho d'adobar, els tutorials haurien de ser quelcom que ens ajudes ... jeje ... doncs no es així!!!
En fi ... seguirem quimerejant i quimerejant!!

:(

24 de març 2008

Yosu

Ara fa 4 dies vaig perdre un amic.
Si, jo el considerava un amic com ell (i el seu germà) m'hi consideraven.
En Yosu ens va deixar, ja no podia més, el seu cos ja no va poder lluitar més. El seu cos es va rebelar en contra d'ell i, ell, en contra del seu cos. Es va veure obligat a jugar una partida d'escacs que tenim perduda sempre. Però ell va aconseguir arreconar-la, a la mort, per dos cops. Té dues criatures petites en aquest mon. Dues maravelles per les quals, la seva dona i nosaltres, els seus amics, podrem recordar-lo sempre. I la nostra companya de camins, la mort, no podrà mai treure'ns això. El llegat d'en Yosu.
Ens varem coneixer l'estiu del 2003 en un viatge on varem coincidir tots 7, ells 4 (Yosu, Marga, Javivi i Imma) i nosaltres 3 (Yolanda, Silvia i jo). D'aquella setmana de compartir seient del darrera en un autocar atrotinat pel desert de tunissia en va sorgir una gran amistat que es va anar forjant amb el temps. Ells desde la capital de l'estat i nosaltres desde la nostra capital.
Sembla estrany, però compartiem molestes coses. Aficions, "exits" esportius, ganes emprenedores, joventut, edat ... en fi ... poc i alhora molt.
I dijous passat ja no va poder lluitar més. Ni la seva dona, fills, germà, familia, amics ... rés va poder ajudar-lo a enfrentar-se a la inexorable e inevitable hora. Però varem poder dir-li adeu i acompanyar-lo en ell i a la seva familia en aquell moment tant i tant dur.
Jo ho vaig viure d'una manera molt complicada i enfrontada. Sóc cientific i tinc una visió cientifica del món, per tant contraposada a la religiositat i a la creença de que hi ha quelcom que ens guia en aquest camí. Per una banda, hi ha diverses raons que justifiquen que el nostre cos s'esgoti, s'aturi i fineixi. Si, no deixem de ser organismes vius que tenim "data de caducitat". I un cop arriba aquesta, per freda que sembli, tot s'acaba i no crec que hi hagi ningú que ens digui: has estat bo? que ens jutji i ens destini ... a dalt o abaix.
Només puc dir que em va entristir molt i molt la seva pèrdua i veure com ens hem quedat els que encara no sabem la nostra data de caducitat.
Yosu sempre et recordarem.

17 de març 2008

Acabant

Un pensaria que arribats en aquest punt, la tesi i tot allò que implica la seva escritura i publicació hauria d'estar molt més que enllestit. Però no és així. I és que malgrat la edat i les experiències previes en el món, magnífic e impressionant per cert, de la ciència un servidor hauría d'estar, com dir-ne, una mica més curtit. Ja tinc la pell dura, ja, però no tant com em pensava.
Avui podriem dir que ens acostem a tancar el que ja ha passat a ser el capítol dos de la meva tesi. Si, l'aventura africana d'un servidor, que va servir per posar-me el sobrenom de "mzungo", s'està tancant a nivell de recerca molecular. Si la DGGE d'avui ens dona un resultat més o menys acceptable i/o sorprenent, la caracterització del llac Kivu a nivell filogenetic i funcional pel que fa als archaea es veurà gratament acomplerta. Si, sabrem quí hi ha i que podrien fer.
Confirmem la diversificació dels Archaea en multitud de lloc, l'ubiquitisme!, i la seva gran versatilitat metabólica, oxidació d'amoni, i possible fixació de carboni.
Que més voleu!
Però, més d'un es podria preguntar ... >Estas fent referencia al capítol 2, per tant, hi ha un capítol 1?> Per que no en fas referéncia?>
I jo hauria de contestar les meves raons per les quals el capítol 1 està quelcom marginat. Ben bé no és així, però avui no hen parlarem d'ell. Ni d'ell ni de com serà, al final, la meva tesi que ara per ara es considerada una tesi "no pop-pop".
I rés ... vaig a veure com va el gel i el voltatge i l'amperatge del sistema D-Code de BioRad on està corrent l'última DGGE i marxarem a meditar sobre el perque de les drogues i els esportistes d'elit (lectura recomenada: Mañana lo dejo, Pedro "Toto" Garcia, Ed. Bresca).
En fi ... salut i archees per tots
Marc